Alors que la polémique ne désemplit pas suite à l’annonce de la construction d’un second réacteur nucléaire EPR, les organisations environnementales s’inquiètent de la haute radioactivité des déchets qui en résulteront. En effet, selon une étude menée par Nagra, association nationale suisse pour le stockage des déchets nucléaires, et un récent rapport paru en 2008, œuvre d’une société finlandaise de gestion des déchets radioactifs, Posiva, cette nouvelle génération de réacteurs coïnciderait également avec une nouvelle génération de déchets. Un changement loin d’être positif si l’on croit les résultats de ces travaux, les déchets produits par ce nouveau système devant être sept fois plus radioactifs que ceux générés par leurs prédécesseurs.
D’après Greenpeace, cette radioactivité accrue s’expliquerait par le fait que le combustible nucléaire reste beaucoup plus longtemps dans le réacteur, d’où une usure, qualifiée de « burn-out », et une radiotoxicité intensifiées.

Plus inquiétant, toujours selon l’organisation internationale, ni la France, ni la Finlande qui accueille, elle aussi, la construction d’un EPR, ne disposent d’un site susceptible de gérer des combustibles aussi irradiés. Ce constat vaut également pour l’ensemble des pays s’étant portés acquéreurs d’un équipement nucléaire semblable, parmi lesquels comptent déjà le Royaume-Uni, les Etats-Unis ou encore l’Inde. Pourtant présentée comme la plus performante au monde, même l’usine de la Hague d’Areva ne saurait faire face à la prise en charge de ces déchets, dont le traitement « générerait des rejets de radioéléments beaucoup plus élevés qu’à l’heure actuelle ».
Alors que la gestion des déchets nucléaires classiques s’impose déjà comme un épineux problème auquel est confrontée l’industrie nucléaire, ces nouvelles constructions résonnent comme de nouvelles impasses.

Pour l’heure, les frais et les délais de construction ne cessent de s’allonger. Ainsi, alors que le chantier français du premier EPR, prévu à Flamanville (Manche) affiche un dépassement budgétaire de 20 %, le gouvernement a annoncé son intention de faire construire un deuxième EPR dans la commune de Penly, située en Seine-Maritime. La Finlande n’est pas mieux lotie, le prix du réacteur, initialement fixé à 3 milliards d’euros, étant passé à 5,5 milliards d’euros. Par ailleurs, aux dires de Greenpeace, TVO, l’opérateur finlandais acquéreur de l’EPR, réclamerait 2,4 milliards d’euros à Areva en compensation des quelque 38 mois de retard accumulés jusqu’à ce jour.